রাজবাড়ী জেলার উত্তর সীমানা দিয়ে বয়ে গেছে প্রমত্তা পদ্মা। জেলার অন্যান্য নদী — গড়াই, চন্দনা (চন্দনা-বারাশিয়া), হড়াই, কুমার ও চিত্রা।
পদ্মার ভাঙন জেলার বিশেষ করে গোয়ালন্দ ও সদর উপজেলার চরাঞ্চলের মানুষের প্রধান সমস্যা। বর্ষায় বিল পুঠিয়াসহ নিম্নাঞ্চল জলমগ্ন হয়।